个税申报方式包含两种，一种是通过扣缴义务人申报，另一种是综合所得年度自行申报。
这两种方式都可以，您可以使用手机APP填报专项附加扣除信息，并选择申报方式。
如果您选择申报方式为“通过扣缴义务人申报”，单位可以使用扣缴端软件，获取您填写的专项附加扣除信息，按月计算应预扣预缴税款后，向税务机关办理全员全额纳税申报。在这种方式下，您可以在预扣预缴期间享受扣除。如果您未能及时报送，也可在以后月份补报，由单位在当年剩余月份发放工资时补扣，不影响您享受专项附加扣除。
如果您选择申报方式为“综合所得年度自行申报”的，纳税人直接向税务机关提交信息，扣缴单位无法获取到纳税人的专项附加扣除信息。在这种方式下，纳税人在年度汇算清缴时才能享受扣除并办理退税。
需要提醒的是，如果选择在单位按月享受专项附加扣除政策，是不包括大病医疗扣除的。大病医疗支出第二年度3月1日到6月30日汇算清缴时再扣除。