1.性质不同：
医疗事故技术鉴定是由医学会组织的从医学角度就医疗行为与损害后果之间的因果关系进行鉴定，并以是否构成医疗事故为结论的技术鉴定。司法鉴定是由具有司法鉴定资质的中介机构组织的，从司法和医疗角度就医疗行为与损害后果之间的因果关系进行司法鉴定，以为案件的审理提供司法意见为目的。
2.范围不同：
医疗事故技术鉴定范围：是否构成医疗事故，责任程度划分，必要时就患者是否需要进行后续治疗进行分析。司法鉴定的内容相对广泛，主要包括：医疗行为是否存在过错、过错行为与损害后果之间的因果关系、责任程度、伤残等级、后续治疗费、护理费、营养费、误工费等。
3.鉴定人员组成不同：
医疗事故技术鉴定由医学会召集专家库中的专家进行鉴定，医学会承担组织义务，实际鉴定人为抽签选定的专家。鉴定意见书以医学会名义出具，鉴定专家不署名，一般情况下亦不出庭接受质询。司法鉴定由具备司法鉴定资质的人员进行鉴定，必要时可以就相关问题咨询临床专家。鉴定意见书由鉴定人员出具，由鉴定机构和鉴定人员共同署名，经当事人申请，鉴定人员出庭接受质询。
4.委托方不同：
医疗事故技术鉴定委托方有：(1)由卫生行政部门交由医学会组织鉴定;(2)由医患双方共同委托医学会进行鉴定;(3)由法院委托进行鉴定。司法鉴定由法院委托进行。
5.鉴定程序不同：
医疗事故技术鉴定由医疗机构所在地市级医学会组织鉴定，对市级医学会鉴定结论不服的15天内可以向省级医学会申请再次鉴定。特定情形下，可以申请中华医学会组织鉴定。司法鉴定的鉴定机构，由法院按法定程序确定入围的鉴定机构，原、被告双方在入围的鉴定机构范围内协商确定或法院指定。