1、登记立案。受案人应当填写《行政处罚立案审批表》，报农业行政处罚机关主管领导批准立案。
2、调查取证。农业行政处罚机关必须对案件情况进行全面、客观、公正的调查收集证据；必要时，依照法律，法规的规定，可以进行检查。并依法制作《询问笔录》、《现场检查（勘验）笔录》、《抽样取证凭证》、《证据登记保存清单》等文书。
3、审查定案。执法调查人员在调查结束后，认为案件事实清楚，主要证据充分，应当制作《案件处理意见书》，报农业行政处罚机关负责人审查。经审核后，处罚机关应制作《行政处罚事先告知书》，告知拟给予的行政处罚内容及其事实、理由和依据，并告知当事人可以在收到告知书之日起三日内，进行陈述、申辩。符合听证条件的，告知当事人可以要求听证。
4、处罚决定。违法事实清楚，证据确凿的案件，应当根据情节轻重，作出处罚决定。《行政处罚决定书》由执法人员制作，《行政处罚决定书》一式三份，其中一份交当事人，一份执法大队留存，一份归档。
5、送达。《行政处罚决定书》应当在宣告后当场交付相对人；当事人不在场的，应当在七日内送达相对人，并由相对人或者代收人在《送证回证》上签名或盖章；相对人或者代收人拒绝接收的，可留置送达。直接送达有困难的，可以委托送达，也可邮寄送达、公告送达。
6、处罚的执行。相对人逾期不履行行政处罚决定的，农业行政处罚机关可以对其每日按罚款数额的3%加处罚款或者制作《强制执行申请书》申请人民法院强制执行。
7、结案归档。案件终结后，案件执法人员应填写《行政处罚结案报告》，报领导审批结案，并将全部案件材料立卷交农业行政处罚机关归档。