强奸案件中的立案证据一般主要有以下几种：
1、被害人陈述。被害人所作的陈述，是证明强奸行为存在的直接证据。立案的条件需要有犯罪事实，被害人的陈述是证明犯罪事实存在的证据。
2、犯罪嫌疑人供述、辩解。立案的条件需要有犯罪嫌疑人，犯罪嫌疑人为直接主体，其证据较为直观。
3、发现场遗留的物证：如或可证明有性行为发生的场物品类证据，如遗留有嫌疑人、受害人精斑、血迹、毛发或者体液混合物的避孕套、床单、被套、枕巾、枕套、纸巾等物品，这类物证一般需要结合鉴定结论予以印证。
4、受害人可能遭受暴力的物品类证据，如被撕扯破的衣物、衣扣等；遗留的刀具、棍棒等凶器等。
5、受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品。
6、现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯中等其他物证。如在麻醉类强奸案件中，存在加害人在饮料中添加药、麻醉剂的现象，此类物证也需要结合鉴定结论等其他证据予以印证。