博士并不是劳动合同，是不需要交纳违约金的。
博士退学后，档案可以分成三种方式进行管理：
1、找到了接受户口的单位，档案和户口都转到工作的单位。
这是通常认为最正规的档案流向，但据统计，这种情况大约只占到毕业生档案的10%左右的比例。
2、没有找到接受户口的单位，户口和档案打回原籍。
户口打回原在地，档案或留在学校，或转到省档案局。在这里需要强调一点，由于国家相关政策，规定毕业生毕业后暂时找不到就业单位的，其档案可免费由学校保存两年，许多大学生以为，既然学校免费保存，就无须再到人才交流机构托管了，这是一种省钱的档案存放方式，其实不是的。
3、把档案和户口放在人才市场交流中心。
首先必须确定在毕业时是否已签过三方协议，这是学生、学校和工作单位共同签的一个协议书，签了的话，报到证备注栏就不是空白，此时档案会在这个单位所在地的人才市场，没签的话，报到证备注栏为空，默认打回原籍，本科生打到省级人才市场，专科打到市级人才市场，师范类毕业生打到教育主管部门，一般在教育局。可由毕业生自己联系人才市场，把档案转过去保管。