1、一旦发生种子纠纷，双方当事人应分析原因，却因种子质量原因造成的种子纠纷，事实已很清楚，双方都认同的，应协商解决。
2、双方存在较大分歧，无法达成协议，双方当事人均可申请当地县级以上种子管理部门进行调解;调解不成，根据《农作物种子质量纠纷田间现场鉴定办法》规定，在其它司法部门没有插手，所需鉴定的地块保护完好，申请人也可申请县级以上种子管理部门进行田间鉴定，由种子管理部门组织专家对现场进行鉴定。其它任何以种子管理机构名义、专家鉴定小组名义、鉴定人员名义出具的田间现场鉴定书的作法，都不是合法的，也不具备法律效力。
3、对不愿意调解或调解不成的，双方均可直接向当地人民法院提起诉讼。
特别提醒：一旦发生种子质量纠纷，千万不能采取打架、上访、报复等过激手段，很可能触犯国家法律，由受害者变成违法犯罪嫌疑人。