1、农村土地承包经营权确权登记办证流程有：发包方将相关材料报乡镇人民政府予以登记造册并提出颁证书面申请;县级以上地方人民政府编制登记簿;颁发农村土地承包经营权证。
2、法律依据：《农村土地承包经营权证管理办法》第七条，实行家庭承包的，按下列程序颁发农村土地承包经营权证：
(一)土地承包合同生效后，发包方应在三十个工作日内，将土地承包方案、承包方及承包土地的详细情况、土地承包合同等材料一式两份报乡(镇)人民政府农村经营管理部门;
(二)乡(镇)人民政府农村经营管理部门对发包方报送的材料予以初审。材料符合规定的，及时登记造册，由乡(镇)人民政府向县级以上地方人民政府提出颁发农村土地承包经营权证的书面申请;材料不符合规定的，应在十五个工作日内补正;
(三)县级以上地方人民政府农业行政主管部门对乡(镇)人民政府报送的申请材料予以审核。申请材料符合规定的，编制农村土地承包经营权证登记簿，报同级人民政府颁发农村土地承包经营权证;申请材料不符合规定的，书面通知乡(镇)人民政府补正。