1，人事争议与劳动争议的时效不同
人事争议仲裁办法中多处提到时效问题，其中最重要的时效包括当事人应当在人事争议发生之日起60日内，以书面形式向有管辖权的人事争议仲裁委员会提出申请，逾期再申请的，仲裁委员会可以不予受理。当事人提出仲裁申请时，受理机构必须在15天内作出受理或不受理的书面决定并通知本人。仲裁庭处理人事争议案件，从仲裁庭组成之日起60日内结案，特殊情况经仲裁委员会批准可以延期30日。，以往发生人事争议时，通过信访解决，一般需要半年或者一年的时间才能解决。
市劳动争议仲裁的相关条例规定，劳动争议发生后，当事人应当从知道或应当知道其权利被侵害之日起60日内，以书面形式向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人因不可抗力或者有其他正当理由超过上述规定的申请仲裁时效的除外。
2，人事争议与劳动争议仲裁委员会的管辖范围不同
人事争议案件仲裁实行分级别管辖。根据仲裁办法的规定，市和区、县都要成立人事争议仲裁委员会。北京市人事争议仲裁委员会受理市级国家机关及其所属事业单位的人事争议案件，区县级仲裁委员会负责受理本区县级国家机关及其所属事业单位的人事争议案件，中央在京的机关、事业单位的人事争议案件，由中央国家行政机关在京直属事业单位人事争议仲裁委员会受理。据人事局人事争议仲裁处王友芝处长透露，5月1日之前的人事争议原则上不受理，由其上级机关或通过信访来解决。而劳动争议案件仲裁不实行分级别管辖，而实行属地管辖。
3，人事争议与劳动争议当事人权利不同
北京市人事争议仲裁办法中规定了仲裁员选择制度，仲裁庭由3名仲裁员组成，发生人事争议时，首席仲裁员和其他两名仲裁员组成仲裁庭，首席仲裁员由仲裁委员会指定，其他两名仲裁员当事人双方可在仲裁委员会所有的仲裁员中自由选定一名仲裁员，这样可以增加仲裁的公开性等性，这种做法在全国尚属首例。而劳动争议案件仲裁中没有此规定。