一、农民确认宅基地使用权纠纷应该如何处理?

(1)协商解决

土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。据此规定，公民之间发生的宅基地纠纷，应当先通过协商的方式加以解决。

(2)行政解决

个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。该法还规定，侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。

(3)司法解决

当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。这表明公民之间就土地的使用权和所有权发生的纠纷，先经过有关行政机关的处理，对于处理决定不服，才可以向人民法院提起诉讼。否则，人民法院不予受理。但对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。

此外，宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会(包括城市的居民委员会和农村的村民委员会)的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。

二、农村宅基地使用权纠纷案件的处理原则是什么?

司法实践中，因宅基地使用权而发生的纠纷在民事纠纷中比较常见。对宅基地使用权纠纷应按下列原则妥善处理：

原则一：依法保护的国家、集体的宅基地所有权。

原则二：依法保护公民、法人合法取得的宅基地使用权。

原则三：宅基地使用权随房屋转移的原则。

原则四：尊重历史、面对现实，有利于生产、生活的原则。

原则五：促进经济发展，维护社会稳定的原则。

综上所述，农民宅基地使用纠纷引发的矛盾，可以通过自行协商形式或者第三方调解的形式达成共识，如果由于权属不清界限不明确，协商调解又无效的情形下，可以向人民政府寻求法律帮助，由当地人民政府依法进行土地确权和认定，经确权后一方认为对方侵犯自己宅基地使用权，可以向法院起诉，作为侵权民事案件受理。