可以选择以下任何一种方式处理：

1、协商

协商和第三人进行调解，这两种方式是不用选择的，有了问题当然会协商，但是协商未必有结果。有些合同中约定“发生争议先协商解决，协商不成任何一方可到法院起诉”。

2、调解

所谓的第三方调解，可以是双方选择的任何愿意介入的第三方，比如双方共同朋友、双方委托的律师，不管是哪种，以双方自愿为前提。

(1)行政调解

行政调解，是指根据一方或双方当事人的申请，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议.从而解决纠纷的一种方式。

(2)仲裁调解

仲裁解决是指合同当事人在发生纠纷时，依照合同中的仲裁条款或者事先达成的仲裁协议，向仲裁机构提出申请，在仲裁机构主持下，根据自愿协商，互谅互让的原则，达成解决合同纠纷的协议。

(3)法院调解

法院调解，又称为诉讼中的调解，是指在人民法院的主持下，双方当事人平等协商，达成协议，经人民法院认可后，终结诉讼程序的活动。合同纠纷起诉到人民法院之后，在审理中,法院首先要进行调解。用调解的方式解决合同纠纷，是人民法院处理合同纠纷的重要方法。在人民法院主持下达成调 解协议，人民法院据此制作的调解书，与判决具有同等效力。调解书只要送达双方 当事人，便产生法律效力，双方都必须执行，如不执行,另一方当事人可以向人民法院提出中请，要求人民法院强制执行。

3、仲裁

选择了仲裁，就排除了诉讼解决的方式，商事仲裁是一局终裁，裁决作出即生效。但是，要注意的是一定要有明确有效的约定仲裁条款，实践中很多仲裁条款由于不规范而无效。

在合同纠纷中双方若要通过仲裁的方式解决纠纷，必须有明确的约定仲裁协议或条款。一般是在双方事先签订的合同中解决争议的方式中明确选择仲裁的方式，且约定明确的仲裁机构。很多约定仲裁条款无效，往往是因为仲裁机构约定不明，或者既约定仲裁解决又同时约定诉讼解决。

4、诉讼

如果未约定仲裁解决或约定的仲裁条款无效，那就只能通过诉讼解决了，这就涉及一个诉讼管辖的问题。

双方可以在合同中约定诉讼的管辖法院，但不是随意约定。当事约定管辖时，在不违反法院级别管辖和专属管辖的情况下可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖。

如果双方未约定管辖法院，一般合同纠纷的管辖法院为被告住所地或合同履行地的法院。

但发生建设工程施工合同纠纷的时候，首先可以选择双方当事人自行协商调解处理，如果没有办法协商一致的时候再申请仲裁或者是直接起诉处理，起诉的时候需要向一个管辖权的法院提交起诉状以及相关的证据材料，一般是向被告人所在地的法院起诉。