合伙合同纠纷涉及违法项目，当事人向人民法院提起诉讼的，人民法院受理后会依法作出处理的，但是需要当事人向法院递交起诉状。人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。合伙合同是两个以上合伙人为了共同的事业目的，订立的共享利益、共担风险的协议。

起诉必须符合下列条件：

1、原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织;

2、有明确的被告;

3、有具体的诉讼请求和事实、理由;

4、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

合伙协议纠纷，只是属于民事案件当中的一个案由，任何一个民事案件诉讼到法院，法院都要经过开庭审理，法官应该会根据双方提交的证据，以及案件的具体情况来进行判决。所说的合伙协议纠纷，只是一个案由，法院都是根据证据和案件事实来判决的，无法根据一个按由来判决。如果根据一个案由判决，那么同一个案由的案件就会出现同一个结果，对当事人是有失公平和公正的。所以说，如果诉讼之前，最好组织好相应的证据。

一般来讲，当事人订立﹑履行合同，约定相互间的权利义务，主要涉及当事人之间的权益，原则上国家权力不得加以干预。但是，当事人通过合同确定的民事法律关系，有时会涉及社会经济秩序﹑社会公共利益及社会公德，因此，对于扰乱社会经济秩序﹑损害社会公共利益及违反的社会公德的合同行为，国家权力必须干预。

相关法律依据：

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条，人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人;不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理;原告对裁定不服的，可以提起上诉。

综上所述，合伙协议纠纷案件的处理原则应当包括掌握合伙的最本质特征，合同共同约定的责任和义务，如果合伙合同纠纷中涉及违法项目的情形，人民法院会依法作出处理，对于合伙关系的认定，法院注重审查各方是否存在合伙协议及协议约定的具体内容，构成犯罪的依法追究刑事处罚责任。