钓鱼岛上有十分丰富的自然资源。

其中主岛上山茶、棕榈、马齿苋随处可见，仙人掌遍地丛生，很多都是名贵药材。比如在钓鱼岛上有一种海芙蓉海草，生长在沿岸的岩石缝中，是防治风湿症和高血压的良药。我国沿海采药者有不少人祖辈在钓鱼诸岛采摘中草药。

钓鱼岛附近海域还是我国东海靖鱼场。太平洋黑潮流经这里，带来了大批鱼群比如绿鳍马面鲀、黄鳍马面鲀、剑尖枪乌贼、短尾大眼鲷、高脊管鞭虾、细点圆趾蟹、鲐鱼、竹荚鱼、圆鮀鲣、飞花鱼等等，这些鱼都具有很高的食用价值，从而带来丰富的经济价值。