工器具消毒分为消毒剂消毒和酒精消毒。消毒剂消毒用于浸泡消毒的工器具，该类工器具先用水清洁干净，再放入100ppm次氯酸钠消毒液中浸泡10分钟以上，浸泡消毒好后取出沥干或用无污染的白毛巾擦干，然后浸泡在清水中5分钟，清除残留的消毒液，最后取出放置于专用的物架沥干。体积过大和电子类工器具用酒精消毒的方法，该类工器具先用水清洁干净，待水干后再用75%酒精对有和裸料接触的部位进行喷雾消毒。