敦煌研究院是国家级别的单位，敦煌研究院的前身是1944年成立的国立敦煌艺术研究所，1950年改组为敦煌文物研究所，1984年扩建为敦煌研究院。敦煌研究院是敦煌学研究的科研单位。

敦煌研究院敦煌文献研究所，成立于1980年，原为敦煌文物研究所遗书研究室，1984年扩建为敦煌研究院遗书研究所，1995年改今名。为敦煌研究院专门从事敦煌文献的整理和研究的职能部门，主要从事敦煌莫高窟藏经洞出土的各类文献的整理和研究工作，内容包括敦煌佛教文献、敦煌社会经济文献、敦煌历史地理文献、敦煌科技史文献、敦煌文学文献、敦煌道教及其它宗教文献、藏经洞艺术品等的整理和研究。近根据敦煌学发展的需要及自身的研究条件，敦煌文献研究所的研究人员主要集中从事敦煌文献与敦煌石窟的结合研究、敦煌文献与敦煌史地的结合研究等。