商贷是会影响公积金贷款的，尤其是商贷款项还没还清的情况下。由于各城市相关政策有所不同，具体所在当地是否有开展公积金贷款业务，以及相关业务规定，可以直接与当地网点个贷部门联系确认。

有的地区有商业贷款可以公积金贷款，商业贷款与公积金贷款互不影响。若用户在没有还清商业贷款的情况下，再申请的住房公积金贷款首付要按照第二套房计算，首付比例最低50%，利率会上浮10%。