1、缴费比例不同：一档：深圳职工参加基本医疗保险一档的，以本人月工资总额8%的标准按月缴费，其中用人单位缴交6%，个人缴交2%。二档：深圳职工参加基本医疗保险二档的，以本市上年度在岗职工月平均工资的0.7%按月缴费，其中用人单位缴交0.5%，个人缴交0.2%。2、医疗保险费分配不同：一档：参保人按8%缴交基本医疗保险费的，按缴费基数的5%按月计入个人账户；其中年满45周岁的，按缴费基数的5.6%按月记入个人账户；基本医疗保险一档缴费的其余部分进入大病统筹基金，用于支付本办法规定的医疗费用。二档：市社会保险机构征收的基本医疗保险二档和三档的医疗保险费，应当按本市上年度在岗职工月平均工资的0.2%计入社区门诊统筹基金，1元计入调剂金，其余部分计入大病统筹基金。3、就医诊范围不同：一档：基本医疗保险一档参保人在市内定点医疗机构就医。二档：基本医疗保险二档参保人门诊在选定社康中心就医，经结算医院同意，可以在与选定社康中心同属于一家结算医院下设的其他定点社康中心门诊就医；住院及门诊大病在市内定点医疗机构就医。