概念不同、种群分布不同、食物不同。

1、概念不同：鼹鼠，一种哺乳动物。属于鼹形鼠科，鼹鼠亚科。土拨鼠是啮齿目其中一种，旱獭属，又名土属拨鼠草地獭，又叫哈拉、雪猪、曲娃（藏语）。属于松鼠科，地松鼠亚科。

2、种群分布不同：鼹鼠在我国广泛分布，国外广布于欧亚大陆和北美洲。土拨鼠主要分布于北美大草原至加拿大以及俄罗斯，中亚和东欧草原。在我国主要分布于黑龙江、新疆、内蒙古等地，青海省牧区也有分布拨鼠。

3、食物不同：鼹鼠主要以昆虫为食，也食蚯蚓、蛞蝓、两栖类、爬行类、小鸟等动物。土拨鼠主要以素食为主，食物大多为蔬菜、苜蓿草、莴苣、苹果、豌豆、玉米及其它蔬果为主。采食量随季节而变化，一般日食量为300-400克。