图木舒克市与新疆生产建设兵团第三师实行师市合一管理体制，由新疆生产建设兵团管理。

新疆生产建设兵团第三师，位于塔里木盆地西北部绿洲，北接天山，西连帕米尔高原，南依喀喇昆仑山脉，东靠塔克拉玛干沙漠。师域西南部与吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦、阿富汗、巴基斯坦、印度等国家接壤。新疆生产建设兵团第三师辖16个农牧团场：41团、42团、44团、45团、46团、48团、49团、50团、51团、53团、54团、伽师总场、红旗农场、托云牧场、叶城二牧场、东风农场。师部驻图木舒克市齐干却勒街道。

新疆生产建设兵团第三师图木舒克市位于中国的西部门户，是重要的交通枢纽，喀什机场于1953年通航，现为新疆第二大航空港。南疆铁路亦已铺就通车。