用于养鳗的水质必须符合我国政府规定的渔业水休水质标准和养鳗用水的特殊要求，才能保证养殖商品鳗鱼的食用质量，生产的鳗鱼无异味，体内有害物的积累浓度不超过卫生规定的标准。

只要符合上列水质标准，江、河、湖泊、水库、泉水、地下水均可用于养鳗。根据多年的实际情况来看，泉水、水库水较好，水源水质清晰。池塘、湖泊水中浮游生物和细菌量一般偏多，河流沟渠水受季节的影响差别较大，雨季流量大，水质好。旱季流量小，往往有机物和悬浮物含量过多。

水源水有些特性可以改善，如地下水的锰度和溶解氧含量太低，可修建曲回渠道延长水流动的时间和距离，利用自然日光来提高水温，利用水的流动或曝气来增加水中溶解氧的含量。

水的pH值太低时可用石灰略加调节；浮游生物和细菌含量，悬浮物含量太高可用消毒剂，沉淀剂处理过滤。