鳗鱼内部器官组成呼吸系统、消化系统、排泄系统、循环系统。一些可直接观察的器官简介如下。

(1)食道。是食物的通道，与口腔相连，后与肠相接。

(2)肠。肠短，为体长0．7倍，不能明显分前肠、中肠、后肠。食物不适口或缺氧时，肠中食物易吐出来。

(3)胃。胃较发达，位于腹腔中部，为盲囊状。胃壁厚，伸缩性强，与肠成Y状。胃容量大，一次可吃很多东西。胃承受食物的量与温度有密切关系，在一定范围内温度越高，食物容量越大。

(4)肝脏。肝脏是最大的腺体，分泌消化酶，是物质代谢场所。长方形、稍弯曲，较大，占体重的1.5%以上。分成左右两叶，左叶大于右叶。

(5)胆囊。大部分埋在肝脏内，呈椭圆形，深绿色或淡绿色，胆囊内储存的胆汁是由肝脏分泌而来的，由肝管经胆管流入胆囊。胆囊大小随鳗鱼摄食饥饿等情况变化较大，长期饱食后如突然饥饿，胆囊中储存的胆汁增多，胆囊膨大，如长期饥饿，肝脏分泌来的胆汁越来越少，胆囊日趋缩小。