《女神宿舍的管理员》将了一场火灾烧掉了初中男生南云孝士（山田美铃配音）赖以生存的公寓，再加上父亲不知所踪，落魄到极致的南云在偌大的城市里漫无目的的行走着，最终晕倒在了街头。幸运的是，南云得到了女大学生和知米涅儿（高桥智秋 配音）的帮助，她提议让南云到她所就读的学校的大学生宿舍，担任社管的职务，这样南云不仅能够找到住处，还能够工作养活自己。

就这样，南云开始了他的女生宿舍舍管的生活，并且认识了超纯情少女早乙女亚典娜（七濑彩夏 配音）、大大咧咧非常男孩子气的战咲基丽耶（村井理沙子 配音）和电波少女八月朔日赛勒涅（夜道雪 配音）等非常可爱的女孩子们。