1、种类不同，白豆蔻为芭蕉目、姜科、豆蔻属植物。肉豆蔻为肉豆蔻科肉豆蔻属常绿乔木植物。

2、分布地区不同，白豆蔻原产柬埔寨、泰国。中国云南、广东有少量引种栽培。肉豆蔻原产马鲁古群岛，热带地区广泛栽培，中国台湾、广东、云南等地已引种试种。

3、生长环境不同，白豆蔻生长于气候温暖、潮湿、富含腐殖质的林下，生于排水及保肥性良好的热带林下。肉豆蔻喜热带和亚热带气候。幼龄树喜阴，成龄树喜光。生长于土层深厚、松软、肥沃和排水良好的地方。