1、采用低温储藏法，首先在紫薯入窖前一周对薯窖进行消毒。可用70%的托布津1000倍液，或50%的多菌灵800倍液，对窖内进行喷雾消毒。在紫薯收获后，要及时处理，及时入窖。可用70%的托布津1000倍液，或用50%的多菌灵800倍液，按1:1比例将紫薯浸湿，再捞出滴干入窖。第三，在紫薯入窖后，采用各种方法，始窖内温度保持在15℃以下，10℃以上。窖内温度低于15℃，可以抑制病菌的活动，高于10℃，可以避免冻害，达到安全储藏的目的。

2、高温储藏法就是在紫薯入窖后，烧火升温到35-38℃，并保持2-3天，将紫薯的黑斑病、软腐病等病菌杀灭。然后再将温度降至10-14℃低温进行储藏。该法效果很好，但成本较高，操作起来较为麻烦，因此对分户储藏的农户来说，药剂处理的低温储藏法较为合适。