1、制作方法不同：霉豆腐首先将大豆制成豆腐，然后压坯划成小块，摆在木盒中即可接上蛋白酶活力很强的根霉或毛霉菌的菌种，接着便进入发酵和腌坯期。最后根据不同品种的要求加以红曲酶、酵母菌、米曲霉等进行密封贮藏。毛豆腐是通过以人工发酵的方法，让豆腐表面生长出一层白色茸毛，将切好的豆腐块平整放在竹条上，每块之间留有间隙，设置环境温度为15℃－25℃；经过3－5天后，豆腐表面长出均匀细密的绒毛，即已乳化成熟。

2、营养价值不同：腐乳(furu)，性平，味甘。所含成份与豆腐相近。具有开胃消食调中功效。可用于病后纳食不香、小儿食积或疳积腹胀、大便溏薄等。善用豆腐乳，可以让料理变化更丰富，滋味更有层次感。除佐餐外，更常用于火锅、姜母鸭、羊肉炉、面线、面包等沾酱及肉品加工等用途。毛豆腐的蛋白质含量丰富，而且豆腐蛋白属完全蛋白，不仅含有人体必需的八种氨基酸，而且比例也接近人体需要，营养价值较高；有降低血脂，保护血管细胞，预防心血管疾病的作用。此外豆腐对病后调养、减肥、细腻肌肤亦很有好处。