1、地理位置的区别：温州站位于温州市鹿城区温州大道。是浙江金温铁道开发有限公司直属的“金温铁路”上的一等客运站。温州南站位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道，为隶属于中国铁路上海局集团有限公司宁波车务段的客运一等站。

2、建站规模的区别：温州站车站占地面积15万平方米，主站房建筑面积3.6万平方米 ，拥有近6.5万平方米的站前广场。温州南站总用地面积190368平方米，其中站房面积71209平方米，第一候车室面积为1.1万平方米，第二候车室占地约4200平方米（2016年5月数据）。温州南站拥有天桥1座，地道1座，其中天桥宽15米，采用通透式玻璃墙和顶棚；雨棚采用无柱雨棚。

3、开行路线的区别温州站：1998年6月开站以来，每日开行从温州到成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地16对列车，2016年5月16日起，温州火车站新开通一对温州至青岛的快速旅客列车。