1、沼气池会导致生存环境恶化。养殖畜禽本身的气味及发酵所产生的气味和禽畜产生的噪音都对生存环境会产生一定程度的污染。

2、沼气净化水平低，有害物质超标。小型沼气往往没有过关的设施，甚至没有净化装置，燃烧后气体直接排放到室内，长期呼吸这些气体容易造成呼吸系统和眼部疾病。

3、沼气池没有足够的贮气设施，直接排放造成二次污染。由于农户对沼气的需求量小，并且受到季节等多方面因素影响，多余的沼气没有处理措施，直接排放出去，造成大气污染。

4、农户自主建设意识差。沼气池的发展很大程度上靠政府推广和资金扶持，并且一些配套设施发展不完善，早期沼气建设是在国家的资金补贴扶持下开展，但后续跟进制度不完善，存在一些特定型号需要更换的配件无处购买等问题，农户过度依赖政府的指导和管理。