在南京提取公积金，一般不会影响在异地使用公积金。只要在南京的公积金已经缴存满半年以上，并且符合公积金中心规定的其他条件，就可以在南京公积金中心申请提取公积金。提取公积金后，如果需要在异地继续使用公积金，可以按照正常流程在南京公积金中心办理公积金转移接续手续，将公积金转移至异地，即可在异地继续使用公积金。