蓝眼泪发光是海域发生的夜光藻赤潮现象。当夜光藻受到海浪拍打、划船等强烈扰动时，产生具有能量的含氧荧光素，在释放能量的过程中产生浅蓝的冷光。当夜光藻赤潮爆发时，就能在夜晚的海面上看到美丽的蓝色荧光。蓝眼泪是一种海洋甲藻，包括红色的异养型和绿色的混合营养型（体内有共生绿藻）。

由于红色夜光藻主要热带、亚热带海域均有分布，在厦门会出现红色夜光藻现象。绿色绿色夜光藻分布集中，主要出现在热带海域如阿拉伯海，泰国湾等地。这里红色和绿色夜光藻是用来区分夜光藻的不同生活方式（异养和混合营养型），而蓝眼泪的蓝色是夜光藻细胞内生物化学反应所激发出的生物荧光，它们的概念是不同的。

平潭生态环境优良，水质清澈，加上便利的交通和自媒体的加持，使得平潭成为近年来观赏蓝眼泪奇观的绝佳地点。蓝眼泪并不会时时出现，而是需要水温、天气、风向等因素都符合条件。平潭蓝眼泪一般于3月至10月间出现在周边海域，而4月到6月是平潭岛一年之中遇见蓝眼泪概率最高的时候。结合前期的调查结果，初步可以推出蓝眼泪的源头在离平潭较远的大片外海海域。在水动力运移的作用下，蓝眼泪被截留到平潭海坛湾、坛南湾、流水镇等湾澳。