密西西比麝香龟体型比较小，是蛋龟品种里最小的一种，即便是这样，它依然非常凶猛，是个典型的小个子有大脾气。

　　密西西比麝香龟体长7.6-13.7 cm。这是一种性情活泼易怒的小型水龟，头部有两条浅色的条纹，下颚和喉部长有触须。背甲光滑，或者有三条棱突，高隆而修长，没有锯齿;颜色棕橄榄色至深灰色，常常因披覆着一层藻类而显得模糊不清。幼体的背甲上长有棱突和图案，这些图案为不规则的条纹或斑点，颜色深暗。

　　腹甲较小，有十一枚盾片和一个不怎么明显的铰链关节。雄性尾部的末端，有一个角状的硬质钉突;而后肢的内侧则缀有2小枚翘起的鳞片。雌性的尾部很短，末端形成一个锐利的尖角。