南美蛇颈龟就像该种属内的所有龟种一样，拥有颀长的的脖颈，不能将头缩在壳内，不同的是，南美蛇颈龟的颈部并没有棘突，所以看上去很平滑，背甲凹凸不平，像一块岩石。

　　南美蛇颈龟的龟壳背壳有强壮的龙骨，头部颜色黄黑相交，附近有黑或黄色斑点，颈部比其他种类的乌龟略长，尾巴呈现细长形状。南美蛇颈龟的外观形态与普通蛇颈龟差不多。

　　一般雌性个体要大于雄性个体，最大可达40厘米。根据现代科学家研究发现，蛇颈龟是现存最古老的爬行动物。南美蛇颈龟的主要特征为身上长有非常坚固的甲壳，受袭击时龟可以把头、尾及四肢缩回龟壳内，拥有长颈和粗糙不平的龟壳，尤其是年幼的品种。

　　南美蛇颈龟大多数龟的颈盾极小，位于第一枚和第二枚缘盾之间，但钉颈龟却与众不同，它的颈盾较大，位于第一和第二枚缘盾的后部，第一枚椎盾的前部。其头颈部明亮的色彩和变化多端的条纹。雌龟比雄龟大。雄龟腹甲中央凹陷，肛盾缺刻较深，尾长，泄殖腔孔距背甲较远;雌龟腹甲平坦。