扁尾陆龟外观酷似蛛网龟，并且在一段时间内，人们一度认为扁尾陆龟是蛛网龟的某一亚种，但是现在的科学分类将其划分出来，这并不会改变扁尾陆龟酷似蛛网龟这一事实。

　　扁尾陆龟可生长至13.7厘米，甲壳相当平坦，甲壳后面边缘是尖锐的锯齿，甲板的颜色是黑色的，成长后会慢慢变成浅棕色，甲与甲之间的边缘会有浅棕色或黄色斑点。背甲与腹甲之间没有铰链，腹甲的颜色是黄色的，有褐色的斑点，斑点颜色较为暗淡。

　　头部呈黄色而且有黑色斑点，但不同的个体差异是很大的。喙的上颌骨和下颌骨是黄色的，四肢呈浅棕色的。而尾巴是平的，因而得出扁尾陆龟的名字。