1、金轮国奸妃（叶玉卿饰）因与表哥欧阳锋（梁朝伟饰）有染怕被国王发现，遂先下手为强，杀国王取玉玺，以图霸占江山。久战后，欧阳锋打伤保管玉玺的三公主（林青霞饰），追捕许久但最终被她逃脱。

2、后经过糊涂国师（张曼玉饰）的调查得知三公主的下落，欧阳锋即乘火箭金靴去追赶，却误脱落一靴插死了刚出关的王重阳（钟镇涛饰），三公主适逢路过，王恳求她找其师弟周伯通（刘嘉玲饰）代为报仇。三公主得九宫真人指点，并由真人徒弟黄药师（张国荣饰）陪同去取九阴真经，以复国报仇；却惹来了黄药师小师妹（王祖贤饰）的妒忌。

3、三公主与黄药师取经失败，在大东客栈与段王爷（梁家辉饰）相遇，原来段王爷与三公主自幼谊亲，但他乃罗汉托世，要断绝情爱，并找得真心人才能成仙。其后，周伯通赶来，误以为三公主杀其师兄，后因练“三花聚顶”走火入魔，神志不清，三公主假扮成王重阳，使得周伯通重新振作起来，继续寻找凶手。

4、段王爷发现黄药师乃梦寐以寻的真心人，最后假扮三公主引东邪说三声“我爱你”而得偿所愿。一群人在丹霞山上交手后，欧阳锋得到了九阴真经回国修炼，大家在国师的带领下与其决此一战，最后在已成仙的段王爷帮助下，打败了欧阳锋。