1、乾隆皇帝（张铁林饰）东巡时与女子夏雨荷（林心如饰）有一段露水姻缘，并生下一个女儿夏紫薇（林心如饰）。多年后，夏雨荷病逝。紫薇偕丫环金锁（范冰冰饰）带着当年乾隆留下的信物，从济南千里迢迢到北京城去与失散多年的父亲相识。主仆两人到京城后根本无法进宫面圣，在走投无路之际遇上了女飞贼小燕子（赵薇饰），并结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫，但在阴差阳错中与紫薇互换了身份，成为清宫中的“还珠格格”，而紫薇却落得一无所有，连唯一的证物都失去了。皇上为庆贺重获爱女举行祭天酬神的仪式，仪仗队伍行经市街，正巧被紫薇、金锁看到。激动之余紫薇昏倒在地，被大学士福伦（海波饰）之子福尔康（周杰饰）所救。福府在知道其身世后将她收留。

2、小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头，但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而皇上对紫薇也有说不出的亲切感，却引起了皇后的妒意。在容嬷嬷（李明启饰）的怂恿下，皇后竟派人将紫薇抓进寝宫内严刑拷打，又将她关进密室。小燕子发现紫薇失踪后心急如焚，尔康等夜探慈宁宫，终于找到了奄奄一息的紫薇。次日，小燕子再请乾隆出马对付皇后，总算将紫薇救出，化险为夷。乾隆南巡下江南 尔康紫薇永琪小燕子等一并同行。期间，经历过采荷一事后，永燕终于表情。而之后的庙会上，有人行刺乾隆，紫薇挡下了一刀，也是极其致命的。尔康看着乾隆望向紫薇的眼神表情，醋意大发。后来回京，乾隆大赏小燕子紫薇。藏王偕公主塞娅（张恒饰）前来紫禁城欲向大清示威，派出武士数十人与大清武将比武，不想被尔康打得七零八落。乾隆龙心大悦。藏王为争回面子提议合婚，乾隆为稳定番邦同意将塞娅公主指婚予福尔康，福尔康与皇上据理力争，终于纸包不住火将紫薇的身世说出，至此紫薇身份大白，小燕子难逃欺君之罪。小燕子以其口才和皇上力争，加上紫薇愿与小燕子同生共死，皇上终于软化，紫薇、尔康、小燕子、永琪这两对有情人终成眷属。