1、可以采取协商、调解、起诉的方式处理医疗事故赔偿纠纷。
《医疗事故处理条例》
第四十六条　发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
第四十七条　双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
2、采取协商、调解等方式确定赔偿数额时需要考虑医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度等的因素。
《医疗事故处理条例》
第四十九条　医疗事故赔偿，应当考虑下列因素，确定具体赔偿数额：
(1)医疗事故等级;
(2)医疗过失行为在医疗事故损害后果中的责任程度;
(3)医疗事故损害后果与患者原有疾病状况之间的关系。
不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。