1、客体不同。诈骗罪侵犯的是国家对医疗机构的管理制度，非法行医罪侵犯的是公私财产的所有权。
2、客观方面不同。诈骗罪行为人主要是利用就诊人缺乏医疗知识，假装自己医术高明而欺骗被害人。
3、主体不同。诈骗罪的主体是特殊主体。
4、主观方面不同。诈骗罪表现为间接故意或过失，非法行医罪表现为直接故意。
5.法律依据：《中华人民共和国刑法》 第三百三十六条 未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。