1、审理机关不同。行政复议是由作出具体行政行为的行政机关的上级行政机关审理，而行政诉讼则是由作出具体行政行为的行政机关所在地的人民法院审理。
2、法律依据不同。行政复议依据的是《行政复议法》及《行政复议法实施条例》，而行政诉讼则是依据《行政诉讼法》。
3、程序不同。行政复议只有一级，即行政复议决定作出后行政复议程序即终止，对行政复议决定不服只能依法向人民法院提起行政诉讼。而行政诉讼则对一审法院作出判决不服还可向上级法院提起上诉。在审理过程中，行政复议一般是书面审，只有在必要时，才可举行听证或当面听取有关人员意见。而行政诉讼除特殊案件外，一般均可公开审理，且具有交换证据、法庭调查、质证、辩论等程序。
行政复议实行行政首长负责制，即行政复议结论的决定权由行政机关层级审批，行政首长最终决定。而行政诉讼不实行该种方法。
4、结案方式不同。行政复议可以由行政机关为申请人和被申请人调解，申请人与本申请人也可自愿达成和解，而行政诉讼不适用调解。
5、审理的内容不同。行政复议既要审查具体行政行为的合法性，也要审查其适当性，并可依法作出复议决定。而行政诉讼原则上只审查具体行政行为的合法性，虽也对适当性进行审查，但一般不就行政机关的具体行政行为的适当性作出裁决。
6、行政复议不收费，行政诉讼收费。