罪与非罪的界限
司法实践中，在认定某种行为是否构成劫持船只、汽车罪时，主要应把握该行为是否具有相当严重的社会危害性，是否具备本条规定的劫持船只、汽车罪的构成要件。如果行为人没有使用暴力、胁迫和其他方法，或者没有劫持船只、汽车，或者劫持的不是船只、汽车的，都不构成本罪。司法实践中，特别要注意把劫持船只、汽车罪同正当的执行公务行为、紧急避险行为等区别开来。劫持船只、汽车罪中的劫持应是非法的，而不是合法的，如果行为人出于合法目的而强行使用船只、汽车的，不构成劫持船只、汽车罪。例如，人民警察看到犯罪分子证驾驶摩托车逃离作案现场，便出示有关证件，强行要求一一小型私营公共汽车驾驶员开车追击。在这里，人民警察为了抓捕在逃犯罪嫌疑人，强制私营公共汽车驾驶员开车追击的劫持汽车行为，不仅不具有社会危害性，而且是对社会有益的行为，因此，其不构成劫持汽车罪同样，行为人出于正当的公务活动的需要或者出于紧急避要，而劫持船只、汽车的，也不构成劫持船只、汽车罪。
本罪与破坏交通工具罪的界限
劫持船只、汽车罪与破坏交通工具罪都是故意犯罪，侵犯的客体都是交通运输安全，但有明显区别：
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1）犯罪客观方面不同。劫持船只、汽车罪的行为人通常采取暴力、胁迫或者其他方法劫持船只、汽车，且一般是在船只、汽车内公然实施的；破坏交通工具罪的行为人通常是采取盗窃、爆炸等手段破坏船只、汽车等交通工具，一般容易导致船只、汽车等交通工具的倾覆或者毁坏，且多是秘密实施的。
（
2）犯罪对象不同。劫持船只、汽车罪的犯罪对象仅限于船只、汽车；破坏交通工具罪的犯罪对象则不限于船只、汽车，还包括火车、航空器等。
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3）犯罪主观方面不同。劫持船只、汽车罪的行为人也可能对船只、汽车进行破坏，但其犯罪目的不是为了使船只、汽车发生倾覆或毁坏危险，而是为了劫夺和控制船只、汽车；破坏交通工具罪的行为人是通过破坏船只、汽车等交通工具而使船只、汽车等交通工具倾覆或毁坏。
本罪与抢劫罪的界限
两罪的主体都为一般主体，主观方面都是出于故意，客观方面都可表现为暴力、胁迫或者其他方法，但两者还是具有以下本质区别：
（1）主观目的完全不同。本罪的行为意在控制船只、汽车按自己的意图行驶；而抢劫罪的目的在于非法占有财物
（2）所侵犯的客体不同，本罪所侵害的客体为公共安全，包括交通运输安全和不特定乘客的生命健康安全；而抢劫罪的客体则是公私财物的所有权和特定公民的人身健康权利。
（3）所侵犯的对象不同。本罪的对象仅限于船只和汽车，而抢劫罪的对象则包括船只、汽车在内的一切有形的动产，对象比本罪广泛得多。
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4）在客观方面表现不完全相同。本罪由于意在控制船只、汽车，一旦达到其目的，往往会离船、离车而去，或者将所劫船只、汽车予以毁坏；而抢劫罪由于意在占有所动之物，通常就会在一段时间继续使用或出卖所劫船只、汽车。如果行为人出于非法占有的目的，劫取正在使用中的船只、汽车，其行为量同时触犯本罪，但无需数罪并罚。如果查不清行为人的具体目的，则可以本罪论处。