有限公司自行清算的具体程序有以下几点
1、清算公司财产、制订清算方案
(1)调查和清理公司财产。清算组在催告债权人申报债权的同时，应当调查和清理公司的财产。根据债权人的申请和调查清理的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。应当指出的是，清算组在编制资产负债表时，不得将公司财产价值低估。
(2)制订清算方案。编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。
(3)提交股东会通过或者报主管机关确认。清算方案是公司清算的总方案。因此，股份有限公司的清算组应将清算方案提交股东大会通过。但是，有限责任公司的清算组成员是由股东组成的，所以，无须提交股东会另行通过。将清算方案提交有关主管机关确认的规定，适用于因违法而解散的清算公司。
(4)另外，如果公司清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民申请宣告破产。经人民裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民。
2、了结公司债权、债务
(1)处理公司未了结的业务。清算期间，公司不得开展新的经营活动。但是，公司清算组为了清算的目的，有权处理公司尚未了结的业务。
(2)收取公司债权。清算组应当及时向公司债务人要求清偿已经到期的公司债权。对于未到期的公司债权，应当尽可能要求债务人提前清偿，如果债务人不同意提前清偿的，清算组可以通过转让债权等方法变相清偿。
(3)清偿公司债务。公司清算组通过清理公司财产、编制资产负债表和财产清单之后，确认公司现有的财产和债权大于所欠债务，并且足以偿还公司全部债务时，应当按照法定的顺序向债权人清偿债务。
首先，应当支付公司清算费用，包括公司财产的评估、保管、变卖和分配等所需的费用，公告费用，清算组成员的报酬，委托注册会计师、律师的费用，以及诉讼费用等；
其次，支付职工工资和劳动保险费用；再次，缴纳所欠税款；
最后是偿还其他公司债务。
在清偿公司债务时，应注意以下几点：
第一，偿还公司债务，一向没有严格先后、顺序之分，但是，公司财产必须能够清偿公司债务；
第二，在催告债术人申报的期限届满前，公司一般不得先行清偿债务；
第三，在公司清偿全部公司债务前，不得向公司股东分配公司财产。
3、分配公司剩余财产
公司清偿了全部公司债务之后，如果公司财产还有剩余的，清算组才能够将公司剩余财产分配给股东。根据《公司法》规定，有限责任公司按照各股东的出资比例进行分配；股份有限公司按照各股东持有的股份比例进行分配。
取得公司剩余财产的分配权，是公司股东自益权的一项重要内容，是公司股东的基本权利。在分配方式上可采取货币分配、实物分配或者作价分配等形式，其基本要求是：既最大限度保护股东的权益，又体现出平等和公平分配原则。