1.户口本上缺少一个章，但是经过系统查询没有出现禁止结婚的情况是允许结婚的。
2.法律依据：《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条规定：要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。