（一）法律效力“小产权房”买卖合同的效力一般认定无效为原则。但也区分不同情况：
1、对于发生在本乡范围内农村集体经济组织成员之间的农村房屋买卖，该房屋买卖合同认定有效。
2、对于将房屋出售给本乡以外的人员的，如果取得有关组织和部门批准的，可以认定合同有效。
3、对于将房屋出售给本乡以外的人员，未经有关组织和部门批准，如果合同尚未实际履行或者购房人尚未实际居住使用该房屋的，该合同应作无效处理。
（二）房产转让“小产权房”拿不到正式的房产证，因此并不构成法律意义上的产权。即小产权房只有使用权，没有所有权。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，小产权房不能向非本集体成员的第三人转让或出售，即购买后不能合法转让过户。其同时对房屋的保值和升值也有一定影响。
（三）政策风险购买在建小产权房时，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿乡产权房的建设项目，可导致部分项目停建甚至被强迫拆除。购房人会面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。购房后如果遇到国家征地拆迁，由于乡产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比微乎其微。
（四）监管缺位乡产权房屋的开发建设没有明确的规定加以约束，开发建设的监管存在缺位，对购房者的利益有一定的影响。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。