1、犯罪客观方面不同
（1）劫持船只、汽车罪的行为人通常采取暴力、胁迫或者其他方法劫持船只、汽车，且一般是在船只、汽车内公然实施的。
（2）破坏交通工具罪的行为人通常是采取盗窃、爆炸等手段破坏船只、汽车等交通工具，一般容易导致船只、汽车等交通工具的倾覆或者毁坏，且多是秘密实施的。
2、犯罪对象不同
（1）劫持船只、汽车罪的犯罪对象仅限于船只、汽车。
（2）破坏交通工具罪的犯罪对象则不限于船只、汽车，还包括火车、航空器等。
3、犯罪主观方面不同
（1）劫持船只、汽车罪的行为人也可能对船只、汽车进行破坏，但其犯罪目的不是为了使船只、汽车发生倾覆或毁坏危险，而是为了劫夺和控制船只、汽车。
（2）破坏交通工具罪的行为人是通过破坏船只、汽车等交通工具而使船只、汽车等交通工具倾覆或毁坏。