后来的补充协议，只要是双方自愿协商签定的，那么对夫妻双方肯定是有约束力的，如果补充协议和原协议有不同的地方，应视为对原协议的修改。只不过，经过民政部门备案的协议，在效力上确实会比私下达成的效力高。但这仅仅体现在对外的效力上，而对内效力，也就是夫妻前的效力应该是一致的，因为不涉及到保护利害关系第三人的问题。因为在夫妻财产的处分上，会涉及夫妻共同债务的承担。如果你们二人想使被充协议具有法律效力，可以拿着此补充协议共同到民政局，说明情况之后，把原协议撤回，重新签订协议即可，大可不必跑去办什么公证。