首先，公安机关、人民检察院、人民法院办理未成年人犯罪案件和涉及未成年人权益保护案件，应当照顾未成年人身心发展特点，尊重他们的人格尊严，保障他们的合法权益，并根据需要设立专门机构或者指定专人办理。
所谓“设立专门机构”，是指设立专门的办案小组或者少年法庭等。所谓“指定专人办理”，一般是指在法院审判时，由熟悉未成年人特点、善于做未成年人思想教育工作的审判员担任审判长，或者由熟悉未成年人特点，善于做未成年人思想教育工作的女检察人员承办案件等。
其次，公安机关、人民检察院讯问未成年犯罪嫌疑人，询问未成年证人、被害人，应当通知监护人到场。有关国际公约对此作了专门规定，我国法律对此有明确要求。
再次，公安机关、人民检察院、人民法院办理未成年人遭受性侵害的刑事案件，应当保护被害人的名誉。为此需要特别设计专门的办案程序，以免导致侦查及办案过程给未成年人带来新的隐形伤害。
最后，对羁押、服刑的未成年人，应当与成年人分别关押，以避免未成年人遭受损害或者未成年人进一步被教唆毒化。