1、你与对方达成的“调解协议”：解决的只是你与对方的民事赔偿责任，不能解决公安对你的行政拘留问题：你有违法行为时，应同时承担的是两种责任， 一是对对方的民事赔偿责任，这可以由你和对方协商、或是经派出所调解解决，解决后你的民事赔偿责任即告终结；如果协商、调解不成时，对方可以到法院告你索要民事赔偿；
二是公安机关对你违法行为给予的行政处罚，即行政拘留或罚款。
所以：你在派出所调解下与对方达成的协议，与是否撤销你的行政处罚没有任何关系。不过，一般较轻的违法行为，在承担民事赔偿后可能不再给予行政处罚，但你的情况是仍然给予了行政处罚。　　
2、“市局通知我已经撤消了行政复议的申请”：市局撤销的，只是你的“复议申请”、对你的行政复议不再审查，但并没有撤行政复议撤销行政拘留销原派出所做出的对你行政拘留的决定，也就是说：市局不再接受你的复议申请，对你受到的行政拘留是否适当、是否应撤销没有决定，事实上原行政拘留决定没有被撤销。　　
3、如果你仍然对原行政拘留决定不服：现在可以到法院起诉公安、提起行政诉讼。　　
4、你所说的情况中：　　
（1）行政拘留不应是派出所做出：派出所仅有权做出警告、500元以下罚款的行政处罚行为。行政拘留的决定必须由公安局做出：如果行政拘留确实是派出所做出的，属于派出所越权，可以再提起行政复议或是提起行政诉讼。
附：《治安管理处罚法》第九十一条 ：治安管理处罚由县级以上人民政府公安机关决定；其中警告、五百元以下的罚款可以由公安派出所决定。　　
（2）派出所不是“判决”行政拘留5天：判决应由法院做出，公安做出的，应是行政处罚“决定”。