1、首次医疗事故鉴定由设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织进行，自受理医疗事故鉴定之日起5日内通知医疗事故争议双方当事人提交进行医疗事故鉴定所需的材料。
2、当事人应当自收到医学会通知之日起10日内提交有关医疗事故鉴定的材料、书面陈述及答辩；医学会应当自接到双方当事人提交的有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩之日起45日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。
3、具体鉴定由专家鉴定组组长主持，鉴定开始后先由患者进行陈述意见和理由，再由医院进行陈述，然后专家鉴定组成员根据需要对双方进行询问。必要时，专家还可以现场查看患者病体，进行医学检查。
4、专家鉴定组对双方提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论，经过合议，根据半数以上成员的一致意见形成鉴定结论，对鉴定结论的不同意见，要注明。
5、鉴定结束后，将制作成《医疗事故技术鉴定书》，其中鉴定结论包括违法违规事实、因果关系、责任程度、事故等级和对患者的医疗护理建议。另外，为保护专家和医患双方的利益，医疗事故鉴定过程一般不准许旁听。
6、当事人对首次医疗事故鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定结论之日起15日内向医疗机构所在地卫生行政部门提出再次鉴定的申请，省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。再次鉴定的程序同首次鉴定程序。