1、专利实施和实施许可的情况及处置办法。在转让合同签订前，转让方已经实施该专利，转让合同可以约定，在转让合同签订生效后，转让方可继续实施或停止实施该专利。如果合同没有约定，则转让方应停止实施该专利。在转让合同签订前，转让方已经许可他人实施的许可合同其权利义务关系在转让合同签订生效之日起，转移给受让方。
2、转让费及支付方式。涉及的专利权的转让费，采用一次付清方式，在合同生效之日起，或在专利局公告后，受让方将转让费全部汇至转让方的帐号，或以现金方式汇至(或面交)转让方。涉及的专利权的转让费，采用分期付款方式支付，在合同生效之日起，或在专利局公告后，受让方即将部分转让费汇至转让方的帐号;待转让方交付全部资料后，受让方将其余转让费汇至(或面交)转让方;支付方式采用银行转帐(或托收，现金兑付等)，现金兑付地点一般为合同签约地。
3、专利权被撤销和被宣告无效的处理.根据专利法的相关规定，在转让合同成立后，转让方的专利权被撤销或被宣告无效时，如无明显违反公平原则，且转让方无恶意给受让方造成损失，则转让方不向受让方返还转让费，受让方也不返还全部资料。如果转让合同的签订明显违反公平原则，或转让方有意给受让方造成损失的，转让方应返还转让费。他人向专利局提出请求撤销专利权，或请求专利复审委员会对该专利权宣告无效或对复审委员会的决定(对发明专利)不服向人民法院起诉时，在转让合同成立后，由受让方负责答辩，并承担由此发生的请求或诉讼费用。
4、税费。对转让方和受让方均为中国公民或法人的，转让合同所涉及的转让费需纳的税，依中华人民共和国税法，由转让方纳税。对转让方是境外居民或单位的按中华人民共和国税法及《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》由转让方向中国税务机关纳税。
5、违约与索赔
(1)对转让方：
转让方拒不交付合同规定的全部资料，办理专利转让手续的，受让方有权解除合同，要求转让方返还转让费，并支付违约金。转让方无正当理由，逾期向受让方交付资料办理专利权转让手续(包括向专利局做著录事项变更，每逾期一周，支付违约金，逾期二个月，受让方有权终止合同，并要求返还转让费。
(2)对受让方：
受让方拒付转让费，转让方有权解除合同的要求返回全部资料，并要求赔偿其损失或支付违约金。受让方逾期支付转让费，每逾期(时间)支付违约金，逾期二个月，转让方有权终止合同，并要求支付违约金。
6、争议的解决办法
(1)友好协商，自行解决;
(2)提请受让方所在地或合同签约地专利管理机关调处，对调处结果不服的，向人民法院起诉;
(3)向人民法院起诉;
(4)请求某仲裁委员会仲裁。