目前，在售的已购经济适用房一般分两种情况处理：一种是已经住满5年的，另一种则是尚未住满5年的。这是以购房家庭取得契税完税凭证的时间或经济适用住房房屋所有权证的发证时间为准的。
1、已经住满5年的经济适用房对于已经住满5年的经济适用房，业主现在可以依照目前市场价格进行出售，但出售后业主需按房屋成交额的10%补交综合地价款。按市场价格出售已购经济适用住房的，需凭契税完税凭证、房屋所有权证、住房转让合同等证件到房屋所在地国土资源和房屋管理局办理交易、产权过户手续即可。例如：一套面积为95平方米，原购房价格为2020元/平方米的经济适用房，若按现市场价3600元/平方米进行出售，则需按3600乘95乘10%计算，补交34200元的综合地价款。按市场价格出售经济适用住房后不能再次购买经济适用住房和其他保障性质的住房。
2、尚未住满5年的经济适用房对于尚未住满5年的经济适用房，由于政策规定则不允许按市场价格出售。因此，确需出售此类经济适用房的业主，只能以不高于购买时的单价出售，并且只能出售给符合经济适用住房购买条件的家庭或由相关部门收购。以原购房价出售已购经济适用房的，出售人需提供原住房买卖合同、住房转让合同等证件。若出售家庭符合条件可再购买经济适用住房。