1、提出请求的当事人不同
有权提出撤销仲裁裁决申请的当事人可以是仲裁案件中的任何一方当事人，不论其是仲裁裁决确定的权利人还是义务人;而有权提出不予执行仲裁裁决的当事人只能是被申请执行仲裁裁决的一方当事人。
2、提出请求的期限不同
当事人请求撤销仲裁裁决的，应当自收到仲裁裁决书之日起6个月内向人民法院提出;而当事人申请不予执行仲裁裁决则是在对方当事人申请执行仲裁裁决之后，法院对是否执行仲裁裁决作出裁定之前。
3、管辖法院不同
当事人申请撤销仲裁裁决，应当向仲裁委员会所在地的中级人民法院提出，而当事人申请不予执行仲裁裁决只能向申请执行人所提出执行申请的法院提出。
4、法定理由不同
《仲裁法》第58条关于申请撤销仲裁裁决理由的第4项和第5项分别是：裁决所依据的证据是伪造的，对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据的;而申请不予执行仲裁裁决理由的第4项和第5项分别是：认定事实的主要证据不足的、适用法律确有错误的。而且，人民法院还可以以违背杜会公共利益为由撤销仲裁裁决。法定理由的不同表明，人民法院在审查撤销仲裁裁决时，侧重对于仲裁裁决的事实认定进行审查;而在审查不予执行仲裁裁决时，既审查仲裁裁决所认定的事实，又审查仲裁裁决所适用的法律。
5、法律程序不同
在撤销仲裁裁决的程序中，法院认为可以由仲裁庭重新仲裁的，应通知仲裁庭在一定期限内重新仲裁; 而在不予执行仲裁裁决的程序中，法院不可要求仲裁庭重新仲裁。