在司法实践中，一般会具体分析阴阳合同的标的额或者所涉及的财产利益，不同情况有不同的处理方式，一般法院会按以下两种办法处理：
1、根据规定，合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则;但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准，其余按照备案的合同约定，备案合同未约定的，而阴合同又有相关内容的按阴合同的约定执行。
2、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同价为准。除非有证据证明前一份合同价是为规避纳税及骗取贷款等原因而签订的虚假价格。但是要特别注意是，这个举证责任是由提出异议方来承担的，也就是说，谁认为前一份合同是虚假的，谁就应当承担这个举证责任。