保护公司债权人利益有以下三种办法：
一、建立公司灭失预警机制
在私营经济快速发展时期，处于激烈市场竞争中的任何公司都有可能因受内外因素的影响而遇到经营危机，从而侵害人的权益。
根据国外经验，可建立公司灭失预警机制，对公司经营进行监测，及时发现危机信息并发出警情预报，把灭失风险引入公司内部，让公司、管理者、股东共同承担风险责任，使责、权、利三者成为一个有机整体，保障公司正常运转和债权人的权益不受非法侵害。
二、引入公司人格否认制度
在我国的公司法规中，缺少在公司休眠时追究股东、董事、经理或其他高级管理人员的民事责任和刑事责任的相关规定，这也是休眠公司产生的重要原因。
因此，可引入公司人格否认制度，以对休眠公司的债权人权益进行保护，也就是把休眠公司与债权人、法院、工商行政管理部门的矛盾，转移到公司内部。
当股东、董事、经理或其他高级管理人员的利益同公司生存与发展绑在一起后，他们就会顾忌公司休眠的经济成本和法律成本，这样就可有效避免公司通过休眠而进行投机的情形发生。
三、设立公司保证金和承诺还债制度
从直销企业保证金制度、房地产经纪行业保证金制度、民办高校保证金制度的实际效果来看，建立公司保证金制度具有一定的现实意义。
公司保证金制度是指由公司注册时缴纳、工商行政主管部门管理、用于保障公司正常经营和债权人权益的专用款项。保证金属于缴纳的公司所有，当公司发生合并、分立、解散、转产、破产、休眠等情形，保证金作为公司财产的一部分，按有关法律规定处置。